孔雀石绿曾在水产养殖领域作为杀菌剂使用，被很多国家用于控制水产品中的寄生虫、真菌和细菌感染。但后来的研究表明，孔雀石绿及其代谢产物在水产动物体内有明显的残留及毒性。可致癌、致畸和致突变。